激进政治经济学派对主流经济学的经济学主要持一种批判态度，他们对主流经济学的批判虽然不像马克思主义者那样，但很多批评还是很尖锐的。谢尔曼总结了激进政治经济学与主流经济学的主要区别：

（1）主流经济学侧重于均衡分析，强调结构内部变化的数量分析。马歇尔认为“自然界没有突破”，乔治·施蒂格勒也拒绝承认改革社会组织能够消除基本的经济问题。他们的保守主义特征实质上是强调所有人通过市场竞争实现统一理想，进而否认任何形式的阶级对抗。激进政治经济学则从动态角度强调对抗、演变和质变。

（2）主流经济学重点考虑制度框架内部的增长变动。激进政治经济学家则既考虑制度框架内部的增长变动，又考虑制度框架本身的变化，从而通过结构变革实现“可行的”社会主义。

（3）主流经济学把经济学作为一个技术问题，把它与社会政治问题分离开来；他们拒绝把性别歧视和种族主义问题看作整个政治经济学的组成部分。激进政治经济学家则把政治经济学的对象问题进行泛化处理，认为脱离开人际关系就无法了解经济，人际关系与政府、家庭密切联系。

（4）主流经济学没有关于剥削的理论，把包括分配在内的整个经济看作完全和谐的，把均衡分析作为主要分析工具，把边际生产力论和福利经济学作为其分配理论的基础。激进政治经济学家把经济看作对抗的舞台，一些人被另一些拥有强权的人所剥削。

（5）主流经济学在分析性别、种族和异化等问题时，强调资本主义竞争可以自动消除所有的歧视和异化现象，从而把这些问题与整个政治经济的阶级关系分隔开来。激进政治经济学家则把资本主义竞争和资本家的利润最大化行为看作导致性别歧视和种族主义的根源。

（6）主流经济学是赤裸裸的政治“多元论”的鼓吹者，它把政府定义为不同利益集团的总和，是由大量的选举人选举出来的，政府还被赋予公断者的职能。激进政治经济学家则把政府看作冲突的舞台，占支配地位的阶级通常在政府事务中居统治地位，亦即把政府视为资产阶级居支配地位的政府。

（7）主流经济学没有关于周期性危机的科学理论，而是把危机看作对充分就业的偏离；这种偏离趋势是由错误的政府政策所导致的，或者仅仅把这种趋势作为不合理的变形。激进政治经济学家认为，经济危机起源于资本主义的制度性矛盾，而并非仅仅是由政策性或结构性问题所造成的。

（8）主流经济学把垄断看作对完全竞争的小小偏离。大多数激进政治经济学家则把垄断看作资本主义的一个新阶段，大公司在这个阶段中居支配地位。

（9）主流经济学认为，纯粹的竞争性经济活动导致资源最优化分配和使用，因而把环境破坏问题看作对亚当·斯密所预言的理想状态的偏离。激进政治经济学家则把企业外部的负效应视为资本主义市场经济普遍存在的现象。

（10）主流经济学力图从个人本性出发，构筑其经济理论体系，而把人视为利己主义的、善于趋利避害的、具有惰性和有限合群性的人，因此各种经济问题都归结为个人偏好。激进政治经济学家则把个人偏好放在社会结构里加以解释，强调种族主义的经济现象根源于资本主义社会本质。

（11）主流经济学鼓吹斯密的市场万能神话，把竞争的市场看作解决所有问题的途径，而把任何集体计划（如免费医疗制度、教育）看作降低效率和削减个人福利的祸根。激进政治经济学家承认市场制度的缺陷，并指出在许多方面（如教育和医疗保健项目）都需要用合作和计划来代替市场和贪欲。