穆勒首先否认价值本身具有内在、实体的意义，而是将其等同于交换价值，认为价值不过是“一个相对的术语”，仅意味着在交换中能获得别种东西。至于价值的决定，他倾向于供求论，并把商品划分为三类进行了具体的说明。第一种是数量有限，供给不能任意增加的商品；第二种是不增加生产费用，而供给数量又可以无限增加的商品；第三种是供给数量能够无限制地增加，但是每个单位生产费用会随着产量的增加而递增的商品。在穆勒看来，社会商品的绝大多数是第二、三种商品，其价值决定于生产费用，因此，他进一步解释了生产费用理论。

穆勒分析了生产费用的结构，认为劳动几乎可以说是唯一的因素。穆勒认为，劳动不仅包括直接投入生产过程的劳动，也包括生产资料所包含的过去的劳动。他甚至还认为产品的价值不仅要足以为所需的劳动提供报酬，而且要为一切人不同于劳动阶级的节欲提供报酬。在这里，他又将生产费用划分为工资和利润两个部分。从本质上说，穆勒的价值学说是西方经济学中的供求论和生产费用论的混合物，已经彻底地背离了古典学派的劳动价值论。

在《政治经济学原理》的第三篇中，穆勒对国际贸易理论进行了深入的考察，对现代国际经济学产生了重要的影响。

他基本上认为国际市场不同于国内市场，资本和劳动都不能够自由流动，因此，商品的国际价值决定规律也不同于国内市场价值。在国际贸易中，商品价值只受供给与需求的规律支配。他认为，在自由竞争制度下，一国的商品同另一国的商品相互交换的价值由为支付进口而出口商品的生产费用来决定，即这个国家的出口总额恰好等于支付进口总额所需的价值。

穆勒以德国和英国两国贸易为例进一步说明了劳动生产率提高对国际贸易中的利益分配的影响。他接受了李嘉图的比较成本学说，主张自由贸易及其对社会发展的促进作用。穆勒一般是反对保护政策的，但也承认为了发展新的工业，暂时采取一些保护政策还是恰当的。