配第以自然价格论为基础进一步讨论了工资、地租和利息的决定机制，从而形成了分配理论的基本框架。

配第认为工资是工人劳动的价格，劳动的价格与其他商品一样，应该由市场价格背后的自然价格决定。这个自然价格就是工人为了生活、劳动和延续后代所必需的东西，也就是说，工资应该由维持工人及其家庭所必需的最低限度的生活资料的价值决定。在配第时代，英国法律规定工人工资的最高水平，违反这个规定就会受到法律的惩罚。在讨论政府的工资政策时，他提出，“法律应该使劳动者只能得到适当的生活资料”，因为低于这个水平工人就无法维持下去，而“如果你使劳动者有双倍的工资，那么劳动者实际所做的工作，就等于他实际所能做和在工资不加倍时所做的一半。这对社会说来，就损失了同等数量的劳动所创造的产品。”  也就是说，如果工资提高了，工人就会降低其工作的努力程度，那么工作时间就会按比例减少，从而导致社会产品的减少。在这一点上配第沿袭了重商主义者的观点。

根据“土地是财富之母，劳动是财富之父”的逻辑，配第提出，在劳动结果的分配过程中，土地得到的报酬，即地租，应该是除工资之外的全部报酬。“假定一个人能够用自己的双手在一块土地上面栽培谷物；即假定他能够做为耕种这块土地所需要的种种工作……并假定他有播种这块土地所需的种子。我认为，这个人从他的收获之中，扣除了自己的种子，并扣除了自己食用及为换取衣服和其他必需品而给予别人的部分之后，剩下的谷物就是这块土地一年的自然的真正的地租”  。

配第提出了级差地租的最初概念。他分析了由于土地位置距离市场远近的差异、土地肥沃程度的不同而产生的级差地租，还研究了同一块土地因连续投入劳动和资本致使生产率不同而产生的级差地租。

配第并没有区分剩余价值的具体形式，而是将地租作为全部的剩余价值形式与工资相对立，具有明显的局限性。但毫无疑问，他的地租理论已经揭示了资本主义生产的全部秘密，即工人所得的劳动报酬仅是其劳动产品的一个部分。虽然他还没能明确地区分必要劳动时间和剩余劳动时间、必要劳动与剩余劳动的概念，也没有意识到地租作为土地所有权者的收益是产权关系的结果，但事实上他已经形成了古典政治经济学的剩余价值思想。

配第的货币与利息理论则具有典型的过渡特征。一方面，他基于对商业资本主义的早期观察，正确地把握了货币的性质与功能，坚持货币不是财富，货币积累也不会达到增加财富的目的，在这一方面他比重商主义者进步。货币既是价值标准，也有交易媒介和储藏的职能，特别是货币承担交易媒介的意义更为重大。之前的学者大多将货币比喻成血液，配第则用国家身体上的脂肪来作比，提出了保持合适的货币数量的观点。配第将货币供给与流通速度联系了起来，提出商业所需的货币数量取决于交换的次数和支付额的大小，成为货币数量论的重要奠基者。另一方面，他的利息理论代表了过渡时期资本对土地所有权的对抗，认为正像土地所有者出租土地可以取得租金一样，货币所有者出借货币也应当获取租金，利息是对其所有者使用带来不便的报酬。同时，他还认为利息的高低应该由自然规律决定，而不应该用法律对利息率进行强制性规定。这种自由主义的呼声代表了产业资本的诉求。