配第定义并区分了商品的两种价格形式：外部价格和自然价格。外部价格就是经常发生波动的市场价格，而自然价格则是市场价格背后的中心价格。配第着力讨论了自然价格的决定，从而形成了价值论。

配第举例说明了商品自然价格的决定。“假如一个人在能够生产一蒲式耳谷物的时间内，将一盎斯白银从秘鲁的银矿中运来伦敦，那么，后者便是前者的自然价格。”  也就是说，一蒲式耳谷物之所以值一盎司白银，是因为生产谷物的所用时间与运输白银的时间相等，这说明配第已经意识到了生产谷物与生产白银两种具体劳动形式应该具有某种共同的东西，即马克思所说的“人类劳动的一般凝结”，从而正确地将商品价值的研究引向了劳动价值论。将商品交换的基础建立在同等劳动的基础上，是配第对经济学的一大贡献。

此后，配第并没有进一步深入挖掘一般劳动的内涵，并从中得到科学的劳动价值论，而是将研究的重点放在了价值量的决定问题上。既然配第将交换的基础建立在同等劳动的基础上，自然的他将劳动时间作为价值量的衡量标准和尺度，并以此为基础考察了劳动生产率发生变化对商品价格的影响。他指出，“如果发现了新的更丰富的银矿，因而获得二盎斯白银和以前获得一盎斯白银同样容易，那么，在其他条件相等的情况下，现在谷物一蒲式耳十先令的价格，和以前一蒲式耳五先令的价格，是一样便宜。”  也就是说，谷物的价值与农业劳动生产率成反比，而与白银的劳动生产率成正比。

价值理论在《爱尔兰的政治解剖》中有了进一步的发展。配第关于“土地为财富之母，而劳动则为财富之父和能动要素”  的经典论断表明在价值形成过程中，不仅是劳动，以土地为代表的自然条件也具有决定作用。但此观点仅在商品的使用价值的意义上才是正确的，因为，劳动是商品价值真正的，也是唯一的源泉。配第之所以提出上述观点，并不是为了揭示商品同时具有价值和使用价值两种属性，实际上是为了解决“货币是价值尺度这个意义上的价值尺度”  的难题。因为配第观察到金银，特别是白银，在各个国家普遍都被用来衡量各种物品，但是白银等贵金属重量及成色的评价存在很大困难，即使是重量及成色不变的场合，白银的价格还是会有上涨和下落。因此，配第认为必须要透过货币寻找决定商品交换的自然标准和尺度，既然所有物品都是土地和劳动创造出来的，当然“所有物品都是由两种自然单位——即土地和劳动——来评定价值”  。

这个意图在其后研究土地与劳动的“自然的”“等价关系”时表现得更为明显了。土地和劳动是完全不同的两种东西，要让它们成为所有物品共同的价值尺度，还必须解决两者之间的等价关系。配第举了一块未经开垦的土地的例子进行了说明：先是将一头刚断了奶的小牛放在这块土地上放牧，不经过任何人的劳动，一年下来，这头小牛体重增加了100磅。这100磅牛肉可以供一个人食用50天。那么，这50天的食物就是这块土地所生产出来的价值。现在再假定一个人在同样的一块地上劳动，一年生产出可以供给一个人食用60天的食物，那么，减去50天土地生产的价值，剩余的10天食物就是一个人一年的劳动所创造的。这样，配第就把土地和劳动转化为一个共同的尺度，即“一个成年人平均一天的食物”  ，而一个人一天的食物似乎和纯银价值一样“稳定不变”  。配第的“自然等价关系”表现得越加完美，他的错误就越加严重，出现了极为混乱的局面，因为他又将劳动的物化结果——“一天的食物”，即工资，作为价值尺度了。

配第以劳动为基础研究商品等价交换的规律，是劳动价值论的最早萌芽，在经济思想史上具有重大的意义。但是，作为先驱者，配第还只是停留在商品经济及价值的表现形式上，没有区别交换价值与价值，混淆了价格与价值的关系，毫无疑问存在重大的理论缺陷。