配第在经济学说史上处于重商主义向古典政治经济学过渡的时期，因此，一方面，他的观点中还不可避免地留有重商主义痕迹，但另一方面，他在对经济理论的探索方面已经大大超越了重商主义者。他不仅分析了如何发展生产以促进财富增长，更重要的是他提出了关于劳动价值论的一些观点，其中对地租、利息和工资等见解也具有一定的科学性。在经济政策方面，他反对国家对产业活动的干预，代表了经济自由主义者的利益。

配第在经济学研究方法论方面的创新是对经济学说史的另一个重大贡献。用他自己的话来说，他所运用的方法“在目前还不是常见的”  。这个“不常见的方法”实际上是归纳主义意义上的实证方法。受到培根的影响，配第主张理性要与经验相结合，要像蜜蜂一样，不仅从花园和田野中汲取花粉，采集材料，还要用自己的力量来转化和消化它们。配第代表了经济学首次对亚里士多德三段式哲学演绎的偏离。

与他的实证主义精神相关，配第主张利用数学方法对经济现实进行深入的探求，运用统计学方法，“用数字、重量和尺度来表达自己想说的问题”  。在《政治算术》中，他利用伦敦和巴黎三年葬礼数的平均值推断出两个城市的富裕程度，有力地驳斥了当时流行的认为英国正经历萧条的观点。尽管他的统计方法还局限在简单平均数的程度，而且一定程度上也存在着估计上的问题，但是根据当时科学发展的条件，配第的方法毫无疑问极大地丰富了经济学的研究方法，经济学开始独立于人们的道德观念和宗教信仰，从而经济分析更具有客观性和独立性。因此，配第也被称为“经济计量学的创始者”。

配第认为经济生活像自然界一样，存在着某种不受人们意志所控制的客观规律。他利用医学作类比，提出研究经济问题时要“注意并遵循自然的运动”，而不是用人力“反抗自然的运动”  。基于他的学术素养，配第意识到现实生活中的每一个问题并不是孤立存在的，它们只是更大的、更完整的问题的一个部分而已。配第的思想第一次具有一种系统性的特征，由于最早提出了劳动价值论理论，马克思评价他为“英国政治经济学之父”  。