新结构经济学的要点如下：

第一，一个经济体的要素禀赋结构（一个国家拥有的土地、劳动力、资本的数量）——在每一个特定时期是给定的，且随着时间推移是可变的——这决定了它的总预算、相对要素价格和比较优势，而且随着发展水平的不同而演变，因而经济体的最优产业结构也会随发展阶段的不同而不同。不同的产业结构不仅意味着不同的产业资本密集度，还意味着不同的最优企业规模、生产规模、市场范围、交易复杂程度以及不同的风险种类。因此，每个特定的产业结构都要求与之相适应的基础设置（包括“硬性和软性”）来尽可能降低运行和交易费用。

第二，经济发展阶段并非仅有“穷与富”或“发展中与发达”这两种离散情况，经济发展的每一个水平都是一条从低收入农业经济一直到高收入工业经济的连续谱上的一点；都是一条从低收入的农业经济，一直到高收入工业化经济的连续频谱（即连贯性的过程）。在这个连续谱中，当产业结构所呈现的状态是既定的，那么，对产业和基础设置进行升级的话，升级的目标不一定就是按照发达国家当时所处的那种产业结构和基础设置。也就是说，不必把发达国家的现有发展阶段、产业结构和基础设置，作为发展中国家的产业结构和基础设置升级的目标。

第三，在每个给定的发展阶段，市场是配置资源最有效率的根本机制。经济发展是一个动态过程，要求在每一个新的发展水平上，都有产业升级和多样化，以及“硬件”和“软件”基础设施的相应改善。产业多样化和产业升级的本质是一个创新过程，在这个过程中，一些先驱企业会为经济中的其他企业创造公共知识，任何一个企业对这些公共知识的消费，都不会影响其他企业对它们的消费。并且，个体企业在做投资决策时，无法完全内化对基础设置的改进，而基础设置的改进却对其他企业产生大量的影响。因此，在市场机制以外，政府还必须在发展过程中发挥积极而重要的协调作用，或提供基础设置改进以及补偿外部性的作用，以促进产业的多样化和升级。

新结构经济学的框架对经济学研究提出了挑战：必须更好地理解市场和政府在经济发展过程中各自的作用，以及它们如何通过相互作用促进私人部门的发展。这就直接导致了数个重要的研究问题：如何设计并执行一套成功的经济发展方法，以使得产业变迁的多样化和升级过程更为平滑？政府干预过度或不足究竟在何处引起了扭曲，如何才能达到无扭曲的最好境地？政策制订者怎样才能保证经济转型过程的平顺？