科斯定理具有重要的理论意义、实践意义和方法论意义。
①理论意义。科斯定理深刻地揭示了在交易成本大于零的情况下，产权制度安排会对资源配置的效率产生影响，这就使制度安排这一在传统经济学中被当作既定前提的因素日益成为关注的焦点，对新制度经济学的快速发展起到了巨大的推动作用。
②实践意义。科斯定理的提出为解决市场经济中普遍存在的外部性问题提供了新的思路，科斯定理对我国经济体制改革也有可资借鉴之处，一是有利于改革者进一步认识产权明晰化对市场经济发展的重要性，二是启发人们在探讨产权配置时必须要考虑交易成本。
③方法论意义。科斯定理的提出还具有重要的方法论意义，即进行经济学研究不能脱离实际，而要从经济生活的实际问题出发，通过对事实的详细考察寻求解决问题的答案。