在科斯（1959）看来，交易成本不是为零而是为正，则自然而然可以得出如下推论：“一旦考虑到进行市场交易的成本，合法权利的初始界定会对经济制度运行的效率产生影响。”

科斯定理Ⅱ是指交易成本为正的情况下，可交易产权的初始安排将影响到资源的最终配置。具体地，若交易成本为正，合法产权的初始界定会对经济制度运行的效率产生影响，产权的一种安排比其他安排可能带来更多的产值或更高的成本。换句话说，市场交易成本影响着资源配置的效果。

科斯定理Ⅱ包括以下含义：第一，在交易成本大于零的现实世界，产权的初始分配状态不能通过无成本的交易向最优状态变化，因而产权初始界定会对经济效率产生影响；第二，权利的调整只有在有利于总产值增长时才会发生，而且必须在调整引起的产值增长大于调整时所支出的交易成本时才会发生。

科斯定理Ⅱ揭示了通过调整产权初始界定来提高经济效率的可能性，并提出了两种权利调整的方式，即用企业组织或政府管制代替市场交易，并指出这两种调整方式同样是有成本的。企业或政府配置资源可以不通过市场进行，从而可以节约市场型交易成本。但值得注意的是，企业或政府配置资源虽然可以避免市场交易成本，但是将会产生非市场交易成本。