在经济发展过程中，产业政策的作用也不是万能的，实践证明，产业政的策作用也有一定的局限性。

第一，就促进产业发展的目标而言，产业政策并非对任何产业都具有同等的作用。有研究表明，“产业政策只对那些需求收入弹性值高，生产效率高，在国际贸易上有发展前途的产业有明显的效果，而对其他产业则非如此”。前者如矿业、纤维、化学、金属、机械、电子、信息等产业，后者如农林、水产、建筑、运输等。因此可以说，产业的发展最终取决于产业本身的素质和发展潜力，而不是产业政策。产业政策对绝大多数产业的发展来说，都首先是一种外部变量，只有当产业政策对产业内部的技术、资金、人才等生产要素的投入和运作发生积极影响时，产业才能够更好的发展。

第二，产业政策本身并非是万能的魔杖，片面夸大产业政策的作用是不可取的。日本的经验表明，产业政策的成功需要有高素质的公务员队伍、完备的法律体系及健全的企业制度等相关条件，将日本经济的成功完全归结为产业政策的功劳明显是违背事实的。有研究者指出，实际上，“日本最大的成功产业，即汽车和家用电器产业，并没有得到政府太多的优惠。此外，日本的工业机器人尽管已处于先导产业地位，通产省对确保它的研究开发资金却并没有作过多关照，唯有国内外激烈的竞争，才是真正使其获得成功的原因。”

第三，产业政策的实施是需要一定的的成本和代价的。通常是产业政策的力度越大，就越需要有相应的政策投入（包括资金、人力等资源）作保障。要全面、客观地认识产业政策的作用，还有赖于产业政策评估机制的建立。

第四，产业政策作为政府行为，也存在失败的可能性。导致产业政策失败的主要因素包括政策目标违背经济规律或违背产业界的愿望与要求、政策措施与政策目标不配套、政策执行不力、政策内容脱离具体国情、政策实施机构和人员失职、政策环境发生不可预见的巨变等。要防止产业政策失败，就必须对症下药，避免上述各个环节的问题发生。