相对于哈佛学派的“结构—行为—绩效”分析范式来说，芝加哥学派的理论虽然对日后新产业组织理论的兴起产生了很大影响，其政策主张也一度成为20世纪80年代美国反垄断政策变革的重要依据。然而，无论在理论体系还是在分析框架方面，芝加哥学派都未能达到哈佛学派那般的完整和成熟程度，其主要理论贡献仍然局限在对哈佛学派分析范式的批判上。

芝加哥学派对哈佛学派的批判主要集中在两个方面：一是斯蒂格勒重塑了贝恩的“进入壁垒”概念。这一新概念将必要资本量和产品差异化两大因素排除在外，除非新进入企业在筹资和制造产品差异化方面需支付更高的成本。从某种意义上说，只要与现有企业相比，新进入企业如果不遭受成本上的不利，那么这些企业就能自由进入市场；二是芝加哥学派认为哈佛学派的“结构—行为—绩效”分析范式过于简单，事实上三者之间的关系并非是单向因果关系，而是双向的、相互影响的关系。此外，在对贝恩的“集中度—利润率”假说进行批判时，布罗曾认为，该假说实质上反映的是一种非均衡关系，并且由于选取产业样本和盈利性数据等方面存在偏差，所得的经验性分析结果不足以支持这一假说的成立。

芝加哥学派的缺陷和不足主要表现在三方面：

其一，关于市场功能。芝加哥学派主张维护市场机制至高无上的地位，这导致了反垄断政策作用的弱化和政府应有的干预能力被限制；同时，芝加哥学派没有意识到合资公司、纵向一体化、企业间协调行为等市场力量会损害消费者利益和社会福利。

其二，关于反垄断政策。芝加哥学派着眼于实现包括消费者和生产者在内的社会福利的最大化和经济效率的最大化，高度强调自由竞争的市场机制，但并没有意识到在实施反垄断政策的同时，还应当对市场竞争行为施以必要的监督，以保证市场机制的正常运行。

其三，关于理想市场。芝加哥学派没有注意到现实市场竞争过程中存在大量的竞争限制行为，其效率标准并不适用于现实市场的状况。同时，该学派仅仅基于对个体企业行为和效率的观察作出市场分析，忽略了个体企业会在实际竞争中作出有损于竞争对手利益或消费者福利的行为的可能性。