1．理论的起源
20世纪30年代，时任哈佛大学经济系主任的梅森教授首先开设了产业组织课程，并于1938年建立了一个包括贝恩、凯森（C.Kaysen）、麦克尔（J.W.Mckie）、麦克海姆（J.Markham）和艾德曼（M.Addman）等学者在内的产业组织研究小组，又称“梅森联谊会”，这是第一个正式的产业组织理论研究机构。该小组以案例研究的方式，把对产业组织问题的研究从以往的偏重于垄断和反垄断问题扩大到对整个市场和厂商的分析，关注了若干行业的市场结构，对市场竞争过程中的组织结构、厂商竞争行为、市场竞争结果等方面开展经验性研究。期间，梅森基于张伯伦等人的垄断竞争理论，在1939年出版的著作《大企业的生产价格政策》（ Price and Production Policies of Larger-Scale Enterprise ）中提出了产业组织的理论体系和研究方向，为该分支学科体系的最终形成奠定了坚实的基础。
2．理论的正式形成
1940年，美国经济学家克拉克（J.M. Clark） 在《美国经济评论》上发表了《论有效竞争的概念》一文 ，首次提出了“有效竞争”（workable competition）的概念，对哈佛学派产业组织理论的发展及理论体系的建立产生了重大影响。克拉克认为，在一个不完全竞争的市场上，由于不完全竞争因素的不断出现，会引致“补偿平衡效应”。不完全竞争存在于市场的事实表明，长期、短期均衡的实现条件是不协调的，这种不协调反映出市场竞争与规模经济之间不可调和的矛盾。而为缩小这种矛盾给现实市场带来的影响，就必须明确“有效竞争”的概念，就是构建既有利于竞争又有利于发挥规模经济作用的竞争格局，其中，政府的公共政策将成为实现有效竞争格局的主要方式。
在克拉克的“有效竞争”学说发表之后，梅森进一步发展了这一理论。他指出，所谓“有效竞争”，就是能够保证和促进经济增长与技术进步的竞争，其基本特征就是一种偏离完全竞争的均衡模式。梅森还归纳提出了有效竞争市场的两类基本标准：一是市场结构标准，即能够维护有效竞争市场形成所需具备的条件；二是市场绩效标准，即从市场绩效的角度判断市场竞争是否有效。1957年，梅森出版了他自1936年以来发表的相关论文的论文集《经济集中和垄断问题》（ Economic Concentration and Monopoly Problem ），对上述观点进行了总结。
梅森的弟子贝恩自1956年开始研究市场进入壁垒，并于1959年出版了《产业组织》（ Industrial Organization ）一书。该书是第一部系统论述产业组织理论的教科书，全面总结了已有的研究成果，完整地论述了产业组织的理论体系，也标志着产业组织理论的最终形成。贝恩在书中明确指出，产业组织理论所研究的“产业”是指生产具有高度替代性产品的企业群 。作为产业组织理论的开创性著作，该书的最大贡献在于完整地提出了现代产业组织理论的基本研究范式：市场结构（structure）、市场行为（conduct）、市场绩效（performance），简称SCP分析范式。同时，贝恩将这一基本研究范式与国家的公共政策（即产业组织政策）联系起来，进一步规范了产业组织理论体系。
在哈佛大学学习和任教的这段时期内，贝恩为产业组织理论及其经验分析方法的发展做出了极大贡献，其研究成果开辟了产业组织经验研究的前沿。不过，贝恩并未将他所提出的“结构—行为—绩效”分析范式进一步扩展为更一般化的理论框架，尤其是在对市场行为的决定因素及其对市场绩效的影响，以及该范式中对各环节反馈效应的分析方面，这些方面的相关工作后来由谢勒完成。
3．理论的进一步发展
继梅森、贝恩后，美国经济学家凯森和法学家特纳（D.F.Turner）于1959年合作出版了《反托拉斯政策》（ Ant-i Trust Policy : An Economic and Legal Analysis ）一书，对产业组织理论体系的发展做出了一定贡献。1970年，谢勒在《产业市场结构和经济绩效》（ Industrial Market Structure and Economic Performance ）一书中进一步揭示了市场行为和市场绩效之间的关系，总结了有关市场行为，尤其是价格形成、广告活动、研究开发等方面的研究成果，弥补了贝恩在《产业组织》中对市场行为论述的不足。通过考察外部条件对市场结构、市场行为和市场绩效的影响，谢勒将“结构—行为—绩效”分析范式扩展为一般化的理论框架，使传统产业组织理论的分析范式得到系统、完整的阐述。也正因如此，此后有关产业组织理论的重要文献对“结构—行为—绩效”分析范式的应用大多以谢勒的思想为蓝本。
至此，在哈佛大学众多学者的共同努力下，“结构—行为—绩效”分析范式逐渐趋于成熟。由于以梅森、贝恩、谢勒等学者为代表对产业组织理论的开创性研究基本是以哈佛大学为中心展开的，故该学派被称为“哈佛学派”。同时，由于哈佛学派对产业组织理论的经验性研究重视市场结构对市场行为、市场绩效的决定作用，故“哈佛学派”又被称为“结构主义学派”（structuralism school）。