魁奈长期从医的经验及背景对其经济学研究产生了重要的影响。他认为，和物质世界一样，人类社会也存在着不以人们的意志为转移的客观规律，即自然秩序（Physiocratie）。自然秩序根源于造物主的最高意志，因而一切人都必须遵守，来源于自然秩序的理性是人不同于其他动物的主要特征。为了使国家能够稳定繁荣，人们就必须要利用理性去获得关于自然秩序的知识，并按照其准则制定那些政治、法律、经济等人为秩序。“如果在这样的国家，政府为理性的灯光所照亮时，则有害于社会和君主的实在法就会被取消”  。反之，如果那些人为秩序违背了自然秩序，整个社会就会处于疾病状态。因此，正如医学中只有了解了病理机制才能制订治疗方案一样，经济学者也必须首先了解经济生活的机制，才能提出解决经济问题的政策方案。

“自然秩序”集中体现了魁奈及其理论体系的价值观基础。虽然承认人类经济活动受到“自然法则”的制约不是历史上的首次，重农主义的自然秩序却是第一次被体系化地贯彻在其理论学说之中，并形成了古典政治经济学传统，为政治经济学提出了认识客观规律的任务。

魁奈的自然秩序还具有有机性的特征。魁奈从血液在人体内循环的道理类推出人类社会中一切事物都是相互内在联系的。种种的要素处在相互斗争的状态中，但同时它们也相互支持，相互促进。“这种令人惊叹的机构的秩序和经过，是由造物主所最后决定的。对于规定这一切事物的伟大规律，是贯穿到各个部分，并且统辖着全体。”  基于经济范畴有机联系的思想，魁奈对经济机制的研究也采用了生理解剖法，深入分析社会总产品生产及流通过程，包括各部分的相互关系及各部分相互作用的结果，形成了以《经济表》为代表的重要理论体系，为政治经济学体系的形成和发展作出了重大贡献。