20世纪70年代以来，新产业组织理论的研究取得了开拓性进展。通过对博弈论、可竞争市场理论、交易成本理论等新理论、新工具的运用和创新，新产业组织理论在研究重点、理论基础及分析方法等方面均产生了巨大的突破，但同时也存在一些不足，简单总结如下：

一是关于研究重点。新产业组织理论的研究重点由市场结构转向行为主体之间的博弈，由结构主义转向行为主义，并不断寻求将产业组织理论与新古典微观经济学进行更加紧密的结合。但新产业组织理论对企业行为的理解过于简单化、抽象化，容易忽略一些影响企业行为的重要因素。

二是关于理论基础。新产业组织理论对新古典主义的假设有所突破，虽然以科斯为代表的交易成本理论彻底改变了其他学派只从技术角度考察企业和只从垄断竞争角度考察市场的做法，但离现实的企业仍有一定距离。同时，新产业组织理论用“可竞争市场理论”来替代“完全竞争市场理论”，并试图以此作为市场机制有效性和减少政府干预的依据。这种分析思路虽较先前的研究有所创新，但却并未考虑到现实经济活动中还存在技术性障碍、信息不完全、外部性以及寡头企业的策略性行为等因素。鉴于此，可竞争市场理论仍无法为放松政府管制的政策主张提供充分的理由。

三是关于研究方法。博弈论、信息经济学等分析方法和工具的使用突破了传统产业组织理论实证分析的局限性，使得新产业组织理论的推理过程更具严密性和逻辑性。但这种通过构建理论模型进行分析的方法严格依赖于初始条件，在解释现实问题时仍面临很多困难，而且很难进行检验。