在完全竞争市场的理论假设下，古典经济学的自由主义价格理论探索资源的有效配置的方式首先是从微观市场分析开始的。亚当·斯密认为，市场价格是一只“看不见的手”，它随供求关系的变化而涨落，使社会资源向着供应相对短缺的商品生产移动，从而指示着资源的配置方向，自动地调节社会资源的优化组合和分布，而无须任何外来的干预。由于“看不见的手”能够自发地调节市场的均衡和资源的最优配置，因此，政府的一切介入和干预都是多余和有害的。

然而，由于市场经济主要依靠以市场供求为基础的资源趋利性流动重组来实现资源的优化配置，而且公共品、外部效应、市场信息的不完全与不准确性、商品的非同质性等一系列市场经济不能解决的经济现象的存在，使其不可避免地具有自发性、盲目性和滞后性等局限，从而使市场机制在调节经济生活过程中经常出现失灵现象。此外，自由竞争本身可能引发市场机制的异化——垄断现象，垄断是商品经济发展到一定阶段的产物。因此，以市场价格为自发的、唯一的调节社会资源流向的经济理论也遇到了前所未有的挑战。1929年爆发的大萧条使古典经济学理论陷入窘境。市场失灵使人们意识到，市场经济并没有穷尽优化资源配置的全部，有相当多的产业领域存在“市场失灵”和“市场功能不全”的现象，这些产业领域或外部性强、盈利小，或资本回收期长，或风险大，市场机制不能自动地将资源导入，但这些产业又是社会生产和国民生活所必需的，因此必须由政府来调节。在这种情形下，出现了以凯恩斯为代表的国民收入决定理论，开始对国民经济的宏观领域进行分析，研究国民经济总量变化及其规律，并认为在市场经济条件下，由于存在边际消费倾向、资本边际效率和流动性偏好等心理因素的影响，会出现“有效需求不足”和“非自愿失业”，使市场机制本身没有力量使总需求与总供给相等，不可避免地出现经济萧条和失业。因此，政府有必要运用计划、财税、金融等手段，主动干预经济，有效调节经济总量间的均衡，以弥补市场机制的局限性。这使人们对市场经济的运动规律有了进一步的认识。

当然，凯恩斯理论虽然在一定程度上弥补了市场机制的不足，刺激了危机中的经济复苏和景气，但由于总量调控政策系统的行为是由人们的主观判断决定的，存在主观愿望脱离客观实际的可能性，而且人们对市场存在认知的有限性，以及对市场信息的时间滞后效应，也使总量调控机制不能有效地照顾到社会再生产过程的结构协调和均衡，使生产结构不能与变化了的消费结构、技术结构有效衔接，这就形成了触发财政赤字和“滞胀”的客观基础，导致总量失衡。

这些经济现象使人们把目光转向社会再生产的中观层面——国民经济的产业层面，在“市场调节”与“总量调节”中间寻找出路，建立资源配置的结构调控机制，这就形成了研究产业间的数量比例关系、产业间的技术经济关联、产业结构演变的产业结构理论。因此，研究产业结构，是研究社会再生产过程中均衡状态的实现，比例关系的协调以及经济发展中产业结构的转化、进化、升级的规律。由此可见，产业结构理论是经济分析深入产业层次，并在总结经济政策实践经验的基础上形成和发展起来的。