连锁企业也存在许多劣势，主要是：灵活性不强、投资成本较高、控制力弱、独立性有限。
1．灵活性不强
连锁企业一旦建立，其灵活性就受到限制，很难找到新的不重叠的店铺位置；所有分店必须奉行统一的战略——每个分店的定价、促销和产品组合策略也必须基本统一。此外，实行集中决策的连锁企业，还有可能在适应本地需求方面存在困难，例如，很难同时照顾到城市和农村地区顾客在生活方式上的差别。
2．投资成本较高
相对一般独立企业而言，连锁企业的投资成本较高，主要体现在店铺的租金、设备、产品组合和员工雇用上。此外，由于许多分店必须备有存货，因此商品采购成本也相对较高。
3．控制力弱
连锁企业的管理控制困难，特别是分店在地理上较为分散的连锁企业。其高层管理者也不可能像独立企业控制唯一店铺那样维持其对各分店的控制。在制定和实施决策方面，沟通不足与时间延误是连锁企业两个特有的问题。
4．独立性有限
大型连锁企业的员工工作独立性有限。许多情况下，连锁企业所提供的商品或服务都已程式化、规范化，并强调作业流程的统一性和标准化，忽视了企业的独立个性。