每年 400 万石的漕粮运输，是运河上的主要物资，但漕粮不是商品。运河上的贸易商品，主要是指借助运河水路输送的、远超漕粮数量的一般商品，数量巨大，品种繁多。

1.粮食

在大运河的商品流通中，占比例最大的还是粮食，特别是长距离的粮食贩运。例如，江南地区因人地矛盾加剧，粮食缺口大，所需稻米借助长江漕路取自江西、湖广，所需豆麦借助运河粮路取自北方各省。康熙年间，苏州城周边的枫桥一带出现了专门的米豆粮食市场。乾隆年间，浒墅关以米谷为大宗，当时过浒墅关的米麦豆粮船每年有 5 万多艘，过扬州关的麦豆粮船每年有 1 万多艘。据有关研究，乾隆时由运河抵达江南的粮食 500 万石。咸丰以后，江南地区的运河仍旧畅通，无锡成为中国四大米市之一，面粉厂、米厂滨河而建，城北运河两岸的北塘一带，来自湖广、江西等处的粮船，经无锡转运至上海、杭州、天津等城市。

2.棉花、棉布和丝绸

明朝北方地区盛产棉花，而棉纺织业、丝织业则是南方农村的两大支柱性产业，松江、常熟一带盛产棉布，因此，北方的棉花通过运河销往南方，而棉布则由南方经运河销往北方。南京、苏州、杭州一带丝织业著名，吸引商贾前来贩运。这种情况下，一些运河城市发展成为棉花、棉布和丝绸的转销市场。清朝以后，随着北方棉纺织业的发展，出现了不少棉纺织中心，江南棉布的销售范围有所收缩，使得棉布的流通格局发生变化：山东部分地区已由棉布输入区变为棉布输出区，东北被开辟为新的江南棉布销售市场。从事丝织品贩运的有晋商、徽商、吴越商等，尤以徽商著称。

3.食盐

盐运发展带来巨大的商机和利润。北直隶长芦食盐多利用水路，自运河入滏河，经河间、真定、顺天、广平至磁州。或由大名县的白水潭运至卫辉及道口镇，然后车运渡黄河，再行分运。山东海盐由济南泺口运至阿城镇，然后转运至河南、苏北等地区。两淮盐场位于苏北地区，以淮河为界分淮北盐场和淮南盐场，有“两淮盐课，足当天下之半”之说。水陆交通之便吸引了大批商人与土著居民从事盐业贸易，造就了一大批盐业中心，如沧州、杨柳青、阳谷县阿城镇、张秋镇等，扬州、淮安更是淮盐转运的枢纽，城市发展与盐业关系密切。乾隆、嘉庆时期是扬州盐业的极盛时期，同治十二年（1873 年）扬州盐宗庙的创建，从一个侧面反映了扬州盐业的发达。扬州河与淮安河下一带均是盐商的聚居区，尤以徽商居多，还吸引来自陕西、山西、湖广、江西等地的商人纷纷来此经营。

4.果品和南北杂货

除粮食和纺织品外，运河粮路上的商品还有梨、枣等果品及各种南北杂货，沿线的泊头、临清、聊城、张秋、台儿庄等城镇是干果鲜品的集散码头。

总之，经由运河水路往来运输的一般贸易商品来自漕船的夹带、回空装载及商民船运输，有粮食、棉花、棉布、食盐、果品、茶叶、瓷器、南北杂货等。其中农副产品占有相当比重，尤其以粗重的粮食、布匹为主，表明了城市商业与周边农村的产业息息相关。沿线城镇因各种商品的汇聚，逐渐形成专业性街巷。