运河水路的贸易形式可分为商民船贩运、漕船夹带、坐地经营、游商散贩等几种。

1.商民船贩运

明清时期，全国最有实力的商人就是贩运商。贩运包括长途贩运和短途贩运。其中，长途贩运的一般是粗重的大买卖，货物规模大，所需资本大，周转时间长，行程艰难，多选择便宜的线路。与陆路运输方式相比，水路运输因量大价低而成为大宗货物的首选。大运河全线贯通以后，发达的水路交通与特殊的区位优势为长途贩运提供了便利条件，一些大宗商品不再局限于狭小的区域内市场，而是被长途贩运至很远的地方销售。被纳入长途贩运的商品，一般集中在粮食、布匹、棉花、盐等几类商品及部分特产品和工艺品上，尤其是粮食，运河沿线出现了许多著名的粮食市场。根据日本学者松浦章的研究，大运河上每年有4 000 只左右的漕船，约占航行于大运河上帆船总数的10%。这样，运河上的商船多达四五万艘，其所贩运的商品数量当非常可观。

2.漕船夹带

漕船夹带主要是指运军随漕船夹带的土宜私货。朝廷为体恤运军生活不易，自明洪熙年间开始，规定运军随漕船携带一定数量的“土宜”，可以沿途买卖，并且免征课税。不断增加的土产品携带，进一步增大了南北物资的交流。除朝廷明文规定的夹带数量外，运军还私自夹带腌猪、豆麻饼、棉花、红黑枣、梨、柴、菜等，而且数量更大。运军至京师卸粮后，漕船回空南返时，还沿途违规承揽大量商品，附带私盐，搭载商客，往往导致漕船延迟。数量庞大的土宜产品的长途贩运，促进了全国物资交流和商品经济的发展，使得大大小小城镇中店铺林立，商贾辐辏，百货集聚。

3.坐地经营

明清时期，朝廷对长途贩运行商的管理非常严格，行商出外经商，需要先向政府申请路引，对于无引、引目不符及持假引者，逮捕治罪。这种情况下，除部分实力雄厚的大商人外，大多数中小商人会选择坐地经营，在城镇开设市肆店铺或在乡村集市设有固定摊位，从事商品的批发及零售，被称坐商、坐贾、铺户、行户。坐商经营规模大小不等，中小商人居多，从事服务行业、饮食业和零售业的居多。他们或者收购零散商货卖给长途贩运者，或者向长途贩运商购买外地商品，或者集手工业者和商人于一身，前店后坊，是运河沿线市镇中的主要群体和中坚力量，活跃了运河区域的商品经济。

另外，还有一些游商散贩，本小利微，数量庞杂，活跃于城乡街巷或集市，吃喝叫卖，以服务性行业为多。