明清时期是运河水路的繁盛期，其繁盛的基础是一系列的运河治理工程措施及漕运管理制度的实施。从而真正实现了运河水路的全线贯通，以最短的距离纵贯了整个东部的富庶区。运河漕运的繁盛主要体现在以下几个方面：

（1）物资的流转。

每年沿京杭运河北上的漕运官船达 11 000 多艘，运军（漕运军队）约 12 万人，除运送国家规定的有漕运的六省份的正粮 400 多万石外，还运送竹木、砖瓦、棉花、烟草及搭载运军随漕船携带的土宜（土产）产品。除官船外，还有从事商业活动的民船，主要短途运送各种农产品及手工业品，一般集中在粮食、布匹、棉花、盐等几类商品及部分特产品和工艺品上。

（2）机构的设置。

唐宋以后，政府设专职官员管理运河交通。到明清时期，为确保漕运的畅通，政府围绕运河漕运活动建立了一整套的管理制度，设置了相应的管理机构，驻扎了大批官员，对运河河道进行疏浚整治，对沿途仓储、税关进行管理。

（3）人员的往来。

在传统时代，水运是相对舒适、快捷的交通方式。由于运河的畅通，在商品经济的刺激下，外来流动人口甚多。舒适、畅通的交通方式便利了人员的往来，官员士绅、士子客旅及普通百姓，往往取道运河。流传至今的官绅“旅行日记”可见一斑，日记大量记载了行走运河的情况，甚至康熙、乾隆下江南，也多次取道运河。另外，大量运军、水手及各地商人商贩前来进行贸易活动，经营谋生，明显的标志是沿线商人会馆遍布。人员的往来流动，也促进了运河水路的繁荣。

（4）城镇的崛起。

运河商路的畅通，促成了沿线一批城镇兴起和繁荣，形成大大小小不同层级规模的商品集散地，如北京、通州、直沽、沧州、德州、临清、聊城、济宁、淮安、扬州、张秋、邵伯等。北京因物资多来源于外地，有“漂来的北京城”之说。运河城镇多位于水陆交通要冲之区，水网密布、物产丰富，城镇多因漕、盐等原因从无到有、由小到大发展起来，前者如夏镇、清江浦；后者如临清、济宁、淮安、扬州等。其中，小城镇占绝对优势，中等城镇居中，中心枢纽城镇数量最少。天津作为重要的漕运要道和中转码头，是北方的经济重镇。济宁在乾隆时升为直隶州，为“百货物聚处，客商往来，南北通满，不分昼夜”的场所。淮安为南船北马、九省通衢的咽喉之地，来自湖广、江西、浙江、江南的粮船汇聚于此。扬州在乾隆年间发展成为“四方豪商大贾鳞集麇至，侨寄户居者不下数十万”的大城市。苏州作为全国最大的商业都市之一，“货物店肆充溢金闻，贸易锻至辐辏”。杭州在清中期发展成为商业枢纽城市。