战略性贸易政策理论与幼稚产业保护理论有相似之处，即都主张对具体产业进行保护，而不像贸易乘数理论针对的是对各产业的全面保护。但战略性贸易政策理论与幼稚产业保护理论有着本质的区别，具体体现为：
第一，幼稚产业保护理论是建立在完全竞争的市场结构上，而战略性贸易政策理论是建立在不完全竞争的市场结构上。
第二，幼稚产业保护理论追求的是受保护产业的成长与独立，而战略性贸易政策理论还看重受保护产业发展所产生的外部经济效应。
第三，幼稚产业保护理论多用于解释发展中国家对其欠发展产业的保护，而战略性贸易政策理论则能解释发达国家对某些高新技术产业的保护。