按照跨境电商的开发与运营主体进行划分，可将跨境电商分为第三方平台跨境电商（或称为“平台型跨境电商”）和自营型跨境电商两类。

平台型跨境电商开发和运营第三方电子商务网站，吸引商品卖家入驻平台，由卖家负责商品的物流与客服并对买家负责，平台型跨境电商并不亲自参与商品的购买与销售，只负责提供商品交易的媒介或场所。

平台型跨境电商的主要特征表现在三个方面：一是跨境电商平台并不参与商品购买、销售等相应的交易环节；二是由境外品牌商、制造商、经销商、网店店主等入驻该跨境电商平台，从事商品展示、销售等活动；三是商家云集，商品种类丰富。平台型跨境电商的优势和劣势均比较鲜明。其优势包括：商品货源广泛而充足；商品种类繁多；平台规模较大，网站流量较大。其劣势包括：跨境物流、海关、商检等环节缺乏自有稳定渠道，服务质量不高；商品质量保障水平较低，容易出现各种类型的商品质量问题，导致消费者信任度偏低。

自营型跨境电商是一个与平台型跨境电商相对应的概念，自营型跨境电商不仅开发和运营电子商务网站，而且自己负责商品的采购、销售、客服与物流，同时对买家负责。

自营型跨境电商的主要特征表现在两个方面：一是运营主体开发和运营跨境电商平台，并作为商品购买主体从海外采购商品与备货；二是运营主体的业务涉及从商品供应、销售到售后的整条供应链。自营型跨境电商的主要优势包括：电商平台与商品都是自营的，运营主体的掌控能力较强；商品质量保障水平高，商家信誉度好，消费者信任度高；货源较为稳定；跨境物流、海关与商检等环节资源稳定；跨境支付便捷。自营型跨境电商的主要劣势包括：整体运营成本高；资源需求多；运营风险高；资金压力大；商品滞销、退换货等问题显著。

此外，还有一种类似自营模式的自建电商。自建电商是指生产制造企业通过电子商务平台直接针对境外市场消费者进行出口电子商务贸易。目前，越来越多的中小出口制造企业、贸易商自建电商网站，独立运营，代表企业包括中国本土品牌智能手机及周边产品的自建电商商户Antelife、浙江义乌外贸饰品零售网店Gofavor、遥控飞机出口网店Hobby-Wing、充气游乐设施贸易公司Funcity等。